一個現(xiàn)在還存在著忍者的世界中，現(xiàn)代忍者的雇主，是政治家、大企業(yè)的干部們。持有強(qiáng)大權(quán)力的人當(dāng)中，有著一些將忍者當(dāng)作滿足自己欲望的道具的人存在。為了對抗這些在黑暗中的“惡忍”，政府開始執(zhí)行了某個計劃―“善忍”―也就是養(yǎng)成屬於國家的忍者的秘密計劃。為了養(yǎng)成“善忍”而成立的機(jī)構(gòu)，“內(nèi)閣特務(wù)諜報部一課付特殊機(jī)密諜報員養(yǎng)成所”，通稱、忍學(xué)科。在擁有一千名學(xué)生的名門升學(xué)學(xué)?！皣氩貙W(xué)院”中，不為人知的內(nèi)面。為了與邪惡戰(zhàn)斗，“善忍”們奉獻(xiàn)自己的青春，正在“國立半藏學(xué)院”忍學(xué)科中就讀的五名少女，鼓起勇氣與惡忍戰(zhàn)斗。五位女忍者性格各異，她們分別是飛鳥、斑鳩、葛城、柳生、云雀。