公元2220年，曾經(jīng)為了保護(hù)地球和人類的大和號(hào)已在水瓶之海中沉睡了17年之久。而經(jīng)歷了較長(zhǎng)一段和平時(shí)期的地球，卻正面臨最大的危機(jī)。一個(gè)代號(hào)為“小瀑布”的黑洞以極快的速度向太陽(yáng)系靠近，人類賴以生存的藍(lán)色星球行將湮滅。為了尋得一線生機(jī)，人類開(kāi)始實(shí)行浩大的移民計(jì)劃，借助運(yùn)輸船的幫助，人們分批向塞拉姆星系的阿馬爾移民。然而在這一過(guò)程中，運(yùn)輸船被星際國(guó)家聯(lián)盟的外星生命視作侵略者，繼而遭到毀滅性的打擊，古代進(jìn)的妻子阿雪也在最近一次護(hù)航行動(dòng)中失蹤。離地球毀滅不足一個(gè)月，古代進(jìn)臨危受命成為第三次移民團(tuán)的護(hù)航艦隊(duì)總司令，全新的大和號(hào)也在這次移民中復(fù)活登場(chǎng)……                                    
　　本片根據(jù)松本零士的同名原著改編。