闇との決戦から二年。ブルードラゴンを失ったシュウは、ブーケ、レゴラスと共にレジスタンスを組織し、ロギ率いるローゼンクロイツといまなお戦っていた。
　　そんなある日、突如空から謎の物體が降って來る。シュウとブーケが巨大なクレーターが出來た現(xiàn)場へと駆けつけると、そこにノイという少年が現(xiàn)れる。ノイは何故かシュウの事を影使いだと知っており、見下したような口調で「すぐに殺されてしまう」と告げる。
　　そんな中、ノイを追うように巨大ドラゴンが現(xiàn)れ、突然、攻撃を仕掛けてくる。絶體絶命の危機。だがそのとき、ノイの能力によって、シュウの影から再びブルードラゴンが出現(xiàn)する。